A Editora Fiocruz vem, desde 1993, trabalhando em torno de quatro eixos temáticos, com a intenção de cobrir o vasto campo da saúde e seus múltiplos aspectos:
- Saúde pública
- Ciências biológicas e biomédicas em saúde
- Ciências clínicas
- Ciências sociais e humanas em saúde
Diante da necessidade de textos que façam a interface com outras áreas do conhecimento, a Editora se organizou também em coleções:
- Antropologia e Saúde
- Criança, Mulher e Saúde
- História e Saúde
- Loucura & Civilização
- Saúde dos Povos Indígenas
- Temas em Saúde
E em séries:
- EpidemioLógica
- Trabalho
- Formação em Saúde
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